康奈爾大學生物醫(yī)學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發(fā)了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不僅推動了單細胞基因組學發(fā)展，而且為感染和免疫生物學研究提供了一條新途徑。
這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing and Transcriptome Profiling in Single Cells”的文章最近發(fā)表在Nature Methods雜志，De Vlaminck實驗室的博后研究員Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是這篇文章的主要作者。
2015年，來自哈佛大學和麻省理工學院的研究人員開發(fā)了Drop-seq，一種使用納米級液滴，并向每個細胞的RNA附加唯一的識別符號，同時且有效表征數(shù)千細胞特性的方法，而且非常便宜，對許多實驗室來說可以很容易實現(xiàn)。
“現(xiàn)在這項技術非常流行，因為它降低了這類分析的成本，”De Vlaminck說。然而，缺點是它們只能識別某種信使RNA（mRNA），限制了其他潛在分析范圍。
De Vlaminck等人提出了一個簡單、廉價的改進方法，他們將其命名為：液滴輔助RNA靶向單細胞測序 (droplet-assisted RNA targeting by single-cell sequencing，DART-seq)。
Drop-seq將每個細胞封裝在啟動細胞mRNA逆轉(zhuǎn)錄的標記微粒中，DART-seq的改進之處在于，在Drop-seq常規(guī)分析之前，采用酶法定制空心珠，從而回收和分析更多種類分子。
此外，該技術能夠區(qū)分病毒感染細胞，并定量病毒和宿主基因表達，從而能夠輕而易舉地在單細胞水平上檢查宿主對病毒感染的反應。
“單株病毒極具多樣性，正因如此，它們可以做許多不一般的事，”Burnham說。“如果你能縮小到單細胞水平，你就可以看到病毒微小變化是如何導致細胞應答的巨大差異。”
Saikia認為DART-seq對癌癥治療可以提供許多有益信息。“癌細胞是非常異質(zhì)性的，”她說。“如果你不從單細胞水平觀察它們，你就會錯過重要信息，所以我們才需要有更鋒利的工具。”
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